El Jardín de Humedales del Jardín Botánico José Celestino Mutis es una colección viva que cuenta con la vegetación presente en los humedales de la Sabana de Bogotá, caracterizada por contar una gran variedad de plantas que han desarrollado formas de vida que les permiten establecerse en cuerpos de agua y zonas aledañas.

La importancia de este tipo de ecosistema reside en la regulación del ciclo hídrico, la riqueza biológica que alberga y el aporte estético para la ciudad. Los humedales de Bogotá constituyen hábitats para avifauna y flora acuática, y sirven para amortiguar inundaciones en época de intensas lluvias.

La creación de una representación de humedal en el Jardín Botánico se origina en la necesidad de conocer más este ecosistema, desarrollar proyectos de investigación y estrategias para la conservación de los humedales del Distrito.

La flora del Jardín de Humedales del Jardín Botánico de Bogotá se convierte en objeto de estudio y de conservación fuera del hábitat natural de las especies vegetales acuáticas. Es importante destacar cómo un gran procentaje de la flora plantada ha logrado adaptarse a este medio artificial. En total, en este momento están representadas 15 de las 91 especies vegetales de los humedales de la Sabana de Bogotá.

Asimismo, el Jardín de Humedales ha logrado atraer la presencia de aves de pantanos y humedales como las tinguas azules lo que evidencia la activación de los procesos ecológicos de esta representación de humedal.

Los mayores retos de esta representación de humedal son: producir material vegetal para multiplicarlo y reincorporarlo en ambientes naturales, servir como hábitat de aves y plantas acuáticas, y contribuir a la educación ambiental de los habitantes del Distrito.

A la hora de plantear el diseño de este humedal, cuya ejecución inció en el segundo semestre de 2013, fueron varios los criterios que se tuvieron presentes para seleccionar las especies presentes en este cuerpo de agua. Por un lado, se incluyeron plantas de hojas flotantes y varios tipos de plantas emergentes como graminoides, juncoides y herbáceas.

También fueron incluidas especies reportadas en peligro crítico, en peligro o vulnerables, categorías de amenaza establecidas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), especies extintas o con distribución muy reducida en los humedales de Bogotá.De igual forma fueron incluidas especies nativas, especies con uso o potencial ornamental y especies que conforman hábitats para las aves.

Para la conformación del Jardín de Humedales se han ensayado diferentes metodologías de incorporación de especies vegetales. Estas son monitoreadas continuamente con el fin de entender su respuesta de adaptación a condiciones artificiales. Entre las especies representadas se destaca la Juncus ramboi subsp, colombianus, que es una subespecie propia del país.

Especies con distribución reducidas como Ranunculus flagelliformis, Begonia fischeri, Gratiola bogotensis y Carex luridifromis.Plantas que proveen alimento o materiales para la construcción de nidos de algunas aves endémicas de la sabana de Bogotá como Typha latifolia y Schoenoplectus californicus.